Руководство к использованию стандарта FHIR в ЦИСЗ
0.2.6803 - ci-build

Профиль ресурса: Образец биологического материала

Официальный URL: https://fhir.by/StructureDefinition/BioMatSpecimen
Active as of 2026-06-25 Имя: BioMatSpecimen

Образец биологического материала, который отправляет организация, ответственная за забор. Раздел Цитология и биопсия.

Описание профиля:

Профиль предназначен для записи, передачи и хранения информации о биологическом материале, взятом для морфологического исследования (цитологического, патогистологического).

Для обеспечения уникальности необходимо обязательно указать identifier и assigner на самом образце (стекло, флакон, пробирка и т.д.), который отправляется в лабораторию.

Элементы профиля:

  • identifier - внутренний идентификатор образца биологического материала, присвоенный в МИС;
    • assigner - ссылка на организацию, присвоившую идентификатор;
  • type - вид биологического материала. Задается значением из справочника VSBiologicalMaterial, текстом;
  • subject - ссылка на пациента;
  • collection - детали взятия биологического материала:
    • extension.PathologyProcess - характер патологического процесса (эрозия, язва, полип, узел, отношение к окружающим тканям и прочие особенности). Поле свободного ввода;
    • collector - медицинский специалист, выполнивший забор биологического материала. Элемент является обязательным, если в collection.procedure отсутствует ссылка на процедуру взятия биологического материала;
    • collected[x] - время взятия биологического материала. Элемент является обязательным, если в collection.procedure отсутствует ссылка на процедуру взятия биологического материала;
    • quantity - количество или объем направленного на исследование биологического материала;
    • method - способ взятия биологического материала. Элемент является обязательным, если в collection.procedure отсутствует ссылка на процедуру взятия биологического материала. Значение задается кодом из справочника MethodOfObtaining, текстом;
    • procedure - ссылка на процедуру взятия биологического материала;
    • bodySite - анатомическая область, откуда взят биологический материал. Задается значением из справочника AnatomicalTerminology, текстом;
  • processing - детали обработки биологического материала:
    • method - методы окраски микропрепаратов. Задается значением из справочника ColoringMicropreparations, текстом;
    • time[x] - период обработки биологического материала.
  • condition - состояние образца биологического материала. Задается значением из справочника StateOfSpecimen, текстом;
  • note - дополнительные данные. Для новообразований: характер роста, размеры, консистенция, отношение к окружающим тканям, метастазы. Поле свободного ввода.

Взаимодействие ресурсов:


flowchart LR

classDef l fill:pink
classDef r fill:white
A(**ServiceRequest**
на взятие материала)

C(*Specimen*
образец биоматериала)
D(**ServiceRequest** 
на исследование)
F[Врач исследует образцы]

G(**Diagnostic Report**)
  
    subgraph Encounter
      subgraph 1 [**Procedure**]
        
        C
      end

    D

    end

    subgraph Лаборатория
        direction TB
        
        F

    end

   A -->1 
   1 --> D
D --> Лаборатория

Лаборатория --> G

class Лаборатория l
class Encounter r
class F r
class E r

Использование:

You can also check for usages in the FHIR IG Statistics

Контент профиля

Описание профилей и принципов работы различных представлений..

Профиль ресурса: Specimen

НаименованиеФлагиКарта.ТипОписание и ограничения    Filter: Filtersdoco
.. Specimen 0..* Specimen Sample for analysis
... id 1..1 id Идентификатор, присвоенный в ЦИСЗ
... meta 1..1 Meta Метаданные о ресурсе
.... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
.... extension 0..0 Extension
.... lastUpdated 0..1 instant Дата и время последнего обновления
.... source 0..0 Определяет, откуда берется ресурс
.... profile 1..1 canonical(StructureDefinition) Ссылка на профиль
Требуемый шаблон: https://fhir.by/StructureDefinition/BioMatSpecimen
.... security 0..0 Метки безопасности, примененные к этому ресурсу
.... tag 0..0 Теги, применяемые к этому ресурсу
... implicitRules 0..0 Набор правил, в соответствии с которыми был создан этот контент
... text 0..0 Краткое изложение текста ресурса для интерпретации человеком
... contained 0..0 Автономные встроенные ресурсы
... extension 0..0 Extension
... modifierExtension 0..0 Extension
... identifier 1..1 Identifier Внутренний идентификатор образца биоматериала, присвоенный в МИС
.... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
.... extension 0..0 Extension
.... use 0..0 usual | official | temp | secondary | old (Если известно)
.... type 0..0 Описание идентификатора
.... system 0..0 Пространство имен для значения идентификатора
.... value 1..1 string Значение внутреннего идентификатора образца биоматериала, присвоенного в МИС
.... period 0..0 Период времени, в течение которого идентификатор действителен для использования
.... assigner 1..1 Reference(Учреждение здравоохранения) Ссылка на организацию, присвоившей идентификатор
..... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
..... extension 0..0 Extension
..... reference 1..1 string Ссылка на ресурс в виде относительного URL
..... type 0..0 Тип ресурса
..... identifier 0..0 Идентификатор ресурса, если не известна ссылка на него
... accessionIdentifier 0..0 Identifier assigned by the lab
... status 0..0 available | unavailable | unsatisfactory | entered-in-error
... type 1..1 CodeableConcept Вид биологического материала
Привязка: Вид биологического материала (required)
.... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
.... extension 0..0 Extension
.... coding 1..1 Coding Код, определенный в справочнике НСИ Терминология
..... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
..... extension 0..0 Extension
..... system 1..1 uri Ссылка на справочник
..... code 1..1 code Код вида биологического материала из справочника
..... userSelected 0..0 Если эта кодировка была выбрана непосредственно пользователем
.... text 0..1 string Вид биологического материала, текстом
... subject 1..1 Reference(Пациент | Пациент без ИН) Ссылка на пациента
.... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
.... extension 0..0 Extension
.... reference 1..1 string Ссылка на ресурс в виде относительного URL
.... type 0..0 Тип ресурса
.... identifier 0..0 Идентификатор ресурса, если не известна ссылка на него
... receivedTime 0..0 The time when specimen is received by the testing laboratory
... parent 0..0 Specimen from which this specimen originated
... request 0..0 Why the specimen was collected
... combined 0..0 grouped | pooled
... role 0..0 The role the specimen serves
... feature 0..0 The physical feature of a specimen
... collection C 1..1 BackboneElement Детали взятия биологического материала
Constraints: BioMatSpecimenCollectionRule
.... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
.... Разрезы для extension 0..1 Extension Extension
Разрез: Не упорядочено, Закрыто от
..... extension:pathologyProcess S 0..1 string Характер патологического процесса (эрозия, язва, полип, узел, отношение к окружающим тканям и прочие особенности)
URL: https://fhir.by/StructureDefinition/PathologyProcess
.... modifierExtension 0..0 Extension
.... collector 0..1 Reference(Роль медицинского работника) Медицинский специалист, выполнивший забор биологического материала. Элемент обязательный, если отсутствует ссылка на процедуру взятия биологического материала в collection.procedure
..... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
..... extension 0..0 Extension
..... reference 1..1 string Ссылка на ресурс в виде относительного URL
..... type 0..0 Тип ресурса
..... identifier 0..0 Идентификатор ресурса, если не известна ссылка на него
.... collected[x] 0..1 dateTime Время взятия биологического материала. Элемент обязательный, если отсутствует ссылка на процедуру взятия биологического материала в collection.procedure
.... duration 0..0 How long it took to collect specimen
.... quantity 0..1 SimpleQuantity(5.0.0) Количество или объем направленного биоматериала
..... extension 0..0 Extension
..... value 1..1 decimal Количество биоматериала
..... unit 1..1 string Единицы измерения количества забранного биоматериала
..... system 0..0 Система, определяющая форму кодированной единицы измерения
..... code 0..0 Кодированная форма единицы измерения
.... method 0..1 CodeableConcept Способ взятия биологического материала. Элемент обязательный, если отсутствует ссылка на процедуру взятия биологического материала в collection.procedure
Привязка: Способ забора биологического материала (required)
..... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
..... extension 0..1 Extension Extension
..... coding 1..1 Coding Код, определенный в справочнике НСИ Терминология
...... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
...... extension 0..0 Extension
...... system 1..1 uri Ссылка на справочник
...... code 1..1 code Способ взятия биологического материала, кодом
...... userSelected 0..0 Если эта кодировка была выбрана непосредственно пользователем
..... text 0..1 string Если выбрано иное, то описать способ взятия биологического материала, текстом
.... device 0..0 Device used to perform collection
.... procedure 0..1 Reference(Процедура взятия биологического материала | Оперативное или диагностическое вмешательство) Ссылка на процедуру взятия биологического материала
..... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
..... extension 0..0 Extension
..... reference 1..1 string Ссылка на ресурс в виде относительного URL
..... type 0..0 Тип ресурса
..... identifier 0..0 Идентификатор ресурса, если не известна ссылка на него
.... bodySite 1..1 CodeableReference(BodyStructure) Анатомическая область, от куда взят биологический материал
Привязка: Анатомический классификатор (required)
..... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
..... extension 0..0 Extension
..... concept
...... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
...... extension 0..0 Extension
...... coding 1..1 Coding Код, определенный в справочнике НСИ Терминология
....... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
....... extension 0..0 Extension
....... system 1..1 uri Ссылка на справочник
....... code 1..1 code Анатомическая область, от куда взят биологический материал, кодом
....... userSelected 0..0 Если эта кодировка была выбрана непосредственно пользователем
...... text 0..1 string Анатомическая область, от куда взят биологический материал, текстом
..... reference 0..0 Ссылка на ресурс
.... fastingStatus[x] 0..0 Whether or how long patient abstained from food and/or drink
... processing 0..* BackboneElement Детали обработки биологического материала
.... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
.... extension 0..0 Extension
.... modifierExtension 0..0 Extension
.... description 0..1 string Текстовое описание процедуры обработки биологического материала
.... method 0..1 CodeableConcept Методы окраски микропрепаратов
Привязка: Методы окраски микропрепаратов (required)
..... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
..... extension 0..0 Extension
..... coding 0..1 Coding Код, определенный в справочнике НСИ Терминология
...... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
...... extension 0..0 Extension
...... system 1..1 uri Ссылка на справочник
...... code 1..1 code Код из справочника
...... userSelected 0..0 Если эта кодировка была выбрана непосредственно пользователем
..... text 0..1 string Описание метода окраски образца текстом
.... additive 0..0 Material used in the processing step
.... time[x] 0..1 Period Период обработки биологического материала
... container 0..0 Direct container of specimen (tube/slide, etc.)
... condition 0..* CodeableConcept Состояние образца биологического материала
Привязка: Состояние образца органа или ткани (required)
.... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
.... extension 0..0 Extension
.... coding 0..1 Coding Код, определенный в справочнике НСИ Терминология
..... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
..... extension 0..0 Extension
..... system 1..1 uri Ссылка на справочник
..... code 1..1 code код из справочника
..... userSelected 0..0 Если эта кодировка была выбрана непосредственно пользователем
.... text 0..1 string Состояние образца биологического материала, текстом
... note 0..1 Annotation Дополнительные данные. Для новообразований: характер роста, размеры, консистенция, отношение к окружающим тканям, метастазы

doco Документация для этого формата

Терминологические привязки (дифференциал)

Путь Статус Использование ValueSet Версия Источник
Specimen.type Base required Вид биологического материала 📦0.2.6803 этот IG
Specimen.collection.​method Base required Способ забора биологического материала 📦0.2.6803 этот IG
Specimen.collection.​bodySite Base required Анатомический классификатор 📦0.2.6803 этот IG
Specimen.processing.​method Base required Методы окраски микропрепаратов 📦0.2.6803 этот IG
Specimen.condition Base required Состояние образца органа или ткани 📦0.2.6803 этот IG

Ограничения

Id Градация Путь(и) Описание Выражение
BioMatSpecimenCollectionRule error Specimen.collection Если отсутствует collection.procedure, то элемент collector, collected, method - обязательны procedure.exists().not() implies (collector.exists() and collected.exists() and method.exists())
НаименованиеФлагиКарта.ТипОписание и ограничения    Filter: Filtersdoco
.. Specimen 0..* Specimen Sample for analysis
... id Σ 1..1 id Идентификатор, присвоенный в ЦИСЗ
... meta Σ 1..1 Meta Метаданные о ресурсе
.... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
.... versionId Σ 0..1 id Идентификатор конкретной версии
.... lastUpdated Σ 0..1 instant Дата и время последнего обновления
.... profile Σ 1..1 canonical(StructureDefinition) Ссылка на профиль

Требуемый шаблон: https://fhir.by/StructureDefinition/BioMatSpecimen
... identifier Σ 1..1 Identifier Внутренний идентификатор образца биоматериала, присвоенный в МИС
.... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
.... value ΣC 1..1 string Значение внутреннего идентификатора образца биоматериала, присвоенного в МИС
Пример General: 123456
.... assigner Σ 1..1 Reference(Учреждение здравоохранения) Ссылка на организацию, присвоившей идентификатор
..... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
..... reference ΣC 1..1 string Ссылка на ресурс в виде относительного URL
..... display ΣC 0..1 string Текстовая трактовка ресурса
.... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
.... coding Σ 1..1 Coding Код, определенный в справочнике НСИ Терминология
..... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
..... system Σ 1..1 uri Ссылка на справочник
..... version Σ 0..1 string Версия системы
..... code ΣC 1..1 code Код вида биологического материала из справочника
..... display ΣC 0..1 string Значение кода
.... text Σ 0..1 string Вид биологического материала, текстом
... subject Σ 1..1 Reference(Пациент | Пациент без ИН) Ссылка на пациента
.... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
.... reference ΣC 1..1 string Ссылка на ресурс в виде относительного URL
.... display ΣC 0..1 string Текстовая трактовка ресурса
... collection C 1..1 BackboneElement Детали взятия биологического материала
Constraints: BioMatSpecimenCollectionRule
.... Разрезы для extension 0..1 Extension Extension
Разрез: Не упорядочено, Закрыто от
..... extension:pathologyProcess S 0..1 string Характер патологического процесса (эрозия, язва, полип, узел, отношение к окружающим тканям и прочие особенности)
URL: https://fhir.by/StructureDefinition/PathologyProcess
.... collector Σ 0..1 Reference(Роль медицинского работника) Медицинский специалист, выполнивший забор биологического материала. Элемент обязательный, если отсутствует ссылка на процедуру взятия биологического материала в collection.procedure
..... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
..... reference ΣC 1..1 string Ссылка на ресурс в виде относительного URL
..... display ΣC 0..1 string Текстовая трактовка ресурса
.... collected[x] Σ 0..1 dateTime Время взятия биологического материала. Элемент обязательный, если отсутствует ссылка на процедуру взятия биологического материала в collection.procedure
.... quantity 0..1 SimpleQuantity(5.0.0) Количество или объем направленного биоматериала
..... id 0..1 id Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
..... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
..... value Σ 1..1 decimal Количество биоматериала
..... unit Σ 1..1 string Единицы измерения количества забранного биоматериала
.... method 0..1 CodeableConcept Способ взятия биологического материала. Элемент обязательный, если отсутствует ссылка на процедуру взятия биологического материала в collection.procedure
Привязка: Способ забора биологического материала (required)
..... extension 0..1 Extension Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
..... coding Σ 1..1 Coding Код, определенный в справочнике НСИ Терминология
...... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
...... system Σ 1..1 uri Ссылка на справочник
...... version Σ 0..1 string Версия системы
...... code ΣC 1..1 code Способ взятия биологического материала, кодом
...... display ΣC 0..1 string Значение кода
..... text Σ 0..1 string Если выбрано иное, то описать способ взятия биологического материала, текстом
.... procedure 0..1 Reference(Процедура взятия биологического материала | Оперативное или диагностическое вмешательство) Ссылка на процедуру взятия биологического материала
..... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
..... reference ΣC 1..1 string Ссылка на ресурс в виде относительного URL
..... display ΣC 0..1 string Текстовая трактовка ресурса
.... bodySite 1..1 CodeableReference(BodyStructure) Анатомическая область, от куда взят биологический материал
Привязка: Анатомический классификатор (required)
..... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
..... concept Σ 0..1 CodeableConcept Ссылка на концепт (справочник + код + значение)
...... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
...... coding Σ 1..1 Coding Код, определенный в справочнике НСИ Терминология
....... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
....... system Σ 1..1 uri Ссылка на справочник
....... version Σ 0..1 string Версия системы
....... code ΣC 1..1 code Анатомическая область, от куда взят биологический материал, кодом
....... display ΣC 0..1 string Значение кода
...... text Σ 0..1 string Анатомическая область, от куда взят биологический материал, текстом
... processing 0..* BackboneElement Детали обработки биологического материала
.... description 0..1 string Текстовое описание процедуры обработки биологического материала
.... method 0..1 CodeableConcept Методы окраски микропрепаратов
Привязка: Методы окраски микропрепаратов (required)
..... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
..... coding Σ 0..1 Coding Код, определенный в справочнике НСИ Терминология
...... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
...... system Σ 1..1 uri Ссылка на справочник
...... version Σ 0..1 string Версия системы
...... code ΣC 1..1 code Код из справочника
...... display ΣC 0..1 string Значение кода
..... text Σ 0..1 string Описание метода окраски образца текстом
.... time[x] 0..1 Period Период обработки биологического материала
... condition Σ 0..* CodeableConcept Состояние образца биологического материала
Привязка: Состояние образца органа или ткани (required)
.... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
.... coding Σ 0..1 Coding Код, определенный в справочнике НСИ Терминология
..... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
..... system Σ 1..1 uri Ссылка на справочник
..... version Σ 0..1 string Версия системы
..... code ΣC 1..1 code код из справочника
..... display ΣC 0..1 string Значение кода
.... text Σ 0..1 string Состояние образца биологического материала, текстом
... note 0..1 Annotation Дополнительные данные. Для новообразований: характер роста, размеры, консистенция, отношение к окружающим тканям, метастазы

doco Документация для этого формата

Привязки к терминологии

Путь Статус Использование ValueSet Версия Источник
Specimen.type Base required Вид биологического материала 📦0.2.6803 этот IG
Specimen.feature.type Base example SNOMED CT Body Structures 📍5.0.0 Стандарт FHIR
Specimen.collection.​method Base required Способ забора биологического материала 📦0.2.6803 этот IG
Specimen.collection.​bodySite Base required Анатомический классификатор 📦0.2.6803 этот IG
Specimen.processing.​method Base required Методы окраски микропрепаратов 📦0.2.6803 этот IG
Specimen.condition Base required Состояние образца органа или ткани 📦0.2.6803 этот IG

Ограничения

Id Градация Путь(и) Описание Выражение
BioMatSpecimenCollectionRule error Specimen.collection Если отсутствует collection.procedure, то элемент collector, collected, method - обязательны procedure.exists().not() implies (collector.exists() and collected.exists() and method.exists())
dom-2 error Specimen If the resource is contained in another resource, it SHALL NOT contain nested Resources contained.contained.empty()
dom-3 error Specimen If the resource is contained in another resource, it SHALL be referred to from elsewhere in the resource or SHALL refer to the containing resource contained.where((('#'+id in (%resource.descendants().reference | %resource.descendants().ofType(canonical) | %resource.descendants().ofType(uri) | %resource.descendants().ofType(url))) or descendants().where(reference = '#').exists() or descendants().where(ofType(canonical) = '#').exists() or descendants().where(ofType(canonical) = '#').exists()).not()).trace('unmatched', id).empty()
dom-4 error Specimen If a resource is contained in another resource, it SHALL NOT have a meta.versionId or a meta.lastUpdated contained.meta.versionId.empty() and contained.meta.lastUpdated.empty()
dom-5 error Specimen If a resource is contained in another resource, it SHALL NOT have a security label contained.meta.security.empty()
dom-6 лучшая практика Specimen A resource should have narrative for robust management text.`div`.exists()
ele-1 error **ВСЕ** элементы All FHIR elements must have a @value or children hasValue() or (children().count() > id.count())
ext-1 error **ВСЕ** расширения Must have either extensions or value[x], not both extension.exists() != value.exists()

Полная Схема

НаименованиеФлагиКарта.ТипОписание и ограничения    Filter: Filtersdoco
.. Specimen 0..* Specimen Sample for analysis
... id Σ 1..1 id Идентификатор, присвоенный в ЦИСЗ
... meta Σ 1..1 Meta Метаданные о ресурсе
.... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
.... versionId Σ 0..1 id Идентификатор конкретной версии
.... lastUpdated Σ 0..1 instant Дата и время последнего обновления
.... profile Σ 1..1 canonical(StructureDefinition) Ссылка на профиль

Требуемый шаблон: https://fhir.by/StructureDefinition/BioMatSpecimen
... identifier Σ 1..1 Identifier Внутренний идентификатор образца биоматериала, присвоенный в МИС
.... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
.... value ΣC 1..1 string Значение внутреннего идентификатора образца биоматериала, присвоенного в МИС
Пример General: 123456
.... assigner Σ 1..1 Reference(Учреждение здравоохранения) Ссылка на организацию, присвоившей идентификатор
..... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
..... reference ΣC 1..1 string Ссылка на ресурс в виде относительного URL
..... display ΣC 0..1 string Текстовая трактовка ресурса
.... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
.... coding Σ 1..1 Coding Код, определенный в справочнике НСИ Терминология
..... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
..... system Σ 1..1 uri Ссылка на справочник
..... version Σ 0..1 string Версия системы
..... code ΣC 1..1 code Код вида биологического материала из справочника
..... display ΣC 0..1 string Значение кода
.... text Σ 0..1 string Вид биологического материала, текстом
... subject Σ 1..1 Reference(Пациент | Пациент без ИН) Ссылка на пациента
.... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
.... reference ΣC 1..1 string Ссылка на ресурс в виде относительного URL
.... display ΣC 0..1 string Текстовая трактовка ресурса
... collection C 1..1 BackboneElement Детали взятия биологического материала
Constraints: BioMatSpecimenCollectionRule
.... Разрезы для extension 0..1 Extension Extension
Разрез: Не упорядочено, Закрыто от
..... extension:pathologyProcess S 0..1 string Характер патологического процесса (эрозия, язва, полип, узел, отношение к окружающим тканям и прочие особенности)
URL: https://fhir.by/StructureDefinition/PathologyProcess
.... collector Σ 0..1 Reference(Роль медицинского работника) Медицинский специалист, выполнивший забор биологического материала. Элемент обязательный, если отсутствует ссылка на процедуру взятия биологического материала в collection.procedure
..... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
..... reference ΣC 1..1 string Ссылка на ресурс в виде относительного URL
..... display ΣC 0..1 string Текстовая трактовка ресурса
.... collected[x] Σ 0..1 dateTime Время взятия биологического материала. Элемент обязательный, если отсутствует ссылка на процедуру взятия биологического материала в collection.procedure
.... quantity 0..1 SimpleQuantity(5.0.0) Количество или объем направленного биоматериала
..... id 0..1 id Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
..... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
..... value Σ 1..1 decimal Количество биоматериала
..... unit Σ 1..1 string Единицы измерения количества забранного биоматериала
.... method 0..1 CodeableConcept Способ взятия биологического материала. Элемент обязательный, если отсутствует ссылка на процедуру взятия биологического материала в collection.procedure
Привязка: Способ забора биологического материала (required)
..... extension 0..1 Extension Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
..... coding Σ 1..1 Coding Код, определенный в справочнике НСИ Терминология
...... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
...... system Σ 1..1 uri Ссылка на справочник
...... version Σ 0..1 string Версия системы
...... code ΣC 1..1 code Способ взятия биологического материала, кодом
...... display ΣC 0..1 string Значение кода
..... text Σ 0..1 string Если выбрано иное, то описать способ взятия биологического материала, текстом
.... procedure 0..1 Reference(Процедура взятия биологического материала | Оперативное или диагностическое вмешательство) Ссылка на процедуру взятия биологического материала
..... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
..... reference ΣC 1..1 string Ссылка на ресурс в виде относительного URL
..... display ΣC 0..1 string Текстовая трактовка ресурса
.... bodySite 1..1 CodeableReference(BodyStructure) Анатомическая область, от куда взят биологический материал
Привязка: Анатомический классификатор (required)
..... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
..... concept Σ 0..1 CodeableConcept Ссылка на концепт (справочник + код + значение)
...... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
...... coding Σ 1..1 Coding Код, определенный в справочнике НСИ Терминология
....... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
....... system Σ 1..1 uri Ссылка на справочник
....... version Σ 0..1 string Версия системы
....... code ΣC 1..1 code Анатомическая область, от куда взят биологический материал, кодом
....... display ΣC 0..1 string Значение кода
...... text Σ 0..1 string Анатомическая область, от куда взят биологический материал, текстом
... processing 0..* BackboneElement Детали обработки биологического материала
.... description 0..1 string Текстовое описание процедуры обработки биологического материала
.... method 0..1 CodeableConcept Методы окраски микропрепаратов
Привязка: Методы окраски микропрепаратов (required)
..... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
..... coding Σ 0..1 Coding Код, определенный в справочнике НСИ Терминология
...... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
...... system Σ 1..1 uri Ссылка на справочник
...... version Σ 0..1 string Версия системы
...... code ΣC 1..1 code Код из справочника
...... display ΣC 0..1 string Значение кода
..... text Σ 0..1 string Описание метода окраски образца текстом
.... time[x] 0..1 Period Период обработки биологического материала
... condition Σ 0..* CodeableConcept Состояние образца биологического материала
Привязка: Состояние образца органа или ткани (required)
.... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
.... coding Σ 0..1 Coding Код, определенный в справочнике НСИ Терминология
..... extension 0..0 Extension
Разрез: Не упорядочено, Открыто от value:url
..... system Σ 1..1 uri Ссылка на справочник
..... version Σ 0..1 string Версия системы
..... code ΣC 1..1 code код из справочника
..... display ΣC 0..1 string Значение кода
.... text Σ 0..1 string Состояние образца биологического материала, текстом
... note 0..1 Annotation Дополнительные данные. Для новообразований: характер роста, размеры, консистенция, отношение к окружающим тканям, метастазы

doco Документация для этого формата

Привязки к терминологии

Путь Статус Использование ValueSet Версия Источник
Specimen.type Base required Вид биологического материала 📦0.2.6803 этот IG
Specimen.feature.type Base example SNOMED CT Body Structures 📍5.0.0 Стандарт FHIR
Specimen.collection.​method Base required Способ забора биологического материала 📦0.2.6803 этот IG
Specimen.collection.​bodySite Base required Анатомический классификатор 📦0.2.6803 этот IG
Specimen.processing.​method Base required Методы окраски микропрепаратов 📦0.2.6803 этот IG
Specimen.condition Base required Состояние образца органа или ткани 📦0.2.6803 этот IG

Ограничения

Id Градация Путь(и) Описание Выражение
BioMatSpecimenCollectionRule error Specimen.collection Если отсутствует collection.procedure, то элемент collector, collected, method - обязательны procedure.exists().not() implies (collector.exists() and collected.exists() and method.exists())
dom-2 error Specimen If the resource is contained in another resource, it SHALL NOT contain nested Resources contained.contained.empty()
dom-3 error Specimen If the resource is contained in another resource, it SHALL be referred to from elsewhere in the resource or SHALL refer to the containing resource contained.where((('#'+id in (%resource.descendants().reference | %resource.descendants().ofType(canonical) | %resource.descendants().ofType(uri) | %resource.descendants().ofType(url))) or descendants().where(reference = '#').exists() or descendants().where(ofType(canonical) = '#').exists() or descendants().where(ofType(canonical) = '#').exists()).not()).trace('unmatched', id).empty()
dom-4 error Specimen If a resource is contained in another resource, it SHALL NOT have a meta.versionId or a meta.lastUpdated contained.meta.versionId.empty() and contained.meta.lastUpdated.empty()
dom-5 error Specimen If a resource is contained in another resource, it SHALL NOT have a security label contained.meta.security.empty()
dom-6 лучшая практика Specimen A resource should have narrative for robust management text.`div`.exists()
ele-1 error **ВСЕ** элементы All FHIR elements must have a @value or children hasValue() or (children().count() > id.count())
ext-1 error **ВСЕ** расширения Must have either extensions or value[x], not both extension.exists() != value.exists()

Схема различий

Профиль ресурса: Specimen

НаименованиеФлагиКарта.ТипОписание и ограничения    Filter: Filtersdoco
.. Specimen 0..* Specimen Sample for analysis
... id 1..1 id Идентификатор, присвоенный в ЦИСЗ
... meta 1..1 Meta Метаданные о ресурсе
.... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
.... extension 0..0 Extension
.... lastUpdated 0..1 instant Дата и время последнего обновления
.... source 0..0 Определяет, откуда берется ресурс
.... profile 1..1 canonical(StructureDefinition) Ссылка на профиль
Требуемый шаблон: https://fhir.by/StructureDefinition/BioMatSpecimen
.... security 0..0 Метки безопасности, примененные к этому ресурсу
.... tag 0..0 Теги, применяемые к этому ресурсу
... implicitRules 0..0 Набор правил, в соответствии с которыми был создан этот контент
... text 0..0 Краткое изложение текста ресурса для интерпретации человеком
... contained 0..0 Автономные встроенные ресурсы
... extension 0..0 Extension
... modifierExtension 0..0 Extension
... identifier 1..1 Identifier Внутренний идентификатор образца биоматериала, присвоенный в МИС
.... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
.... extension 0..0 Extension
.... use 0..0 usual | official | temp | secondary | old (Если известно)
.... type 0..0 Описание идентификатора
.... system 0..0 Пространство имен для значения идентификатора
.... value 1..1 string Значение внутреннего идентификатора образца биоматериала, присвоенного в МИС
.... period 0..0 Период времени, в течение которого идентификатор действителен для использования
.... assigner 1..1 Reference(Учреждение здравоохранения) Ссылка на организацию, присвоившей идентификатор
..... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
..... extension 0..0 Extension
..... reference 1..1 string Ссылка на ресурс в виде относительного URL
..... type 0..0 Тип ресурса
..... identifier 0..0 Идентификатор ресурса, если не известна ссылка на него
... accessionIdentifier 0..0 Identifier assigned by the lab
... status 0..0 available | unavailable | unsatisfactory | entered-in-error
... type 1..1 CodeableConcept Вид биологического материала
Привязка: Вид биологического материала (required)
.... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
.... extension 0..0 Extension
.... coding 1..1 Coding Код, определенный в справочнике НСИ Терминология
..... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
..... extension 0..0 Extension
..... system 1..1 uri Ссылка на справочник
..... code 1..1 code Код вида биологического материала из справочника
..... userSelected 0..0 Если эта кодировка была выбрана непосредственно пользователем
.... text 0..1 string Вид биологического материала, текстом
... subject 1..1 Reference(Пациент | Пациент без ИН) Ссылка на пациента
.... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
.... extension 0..0 Extension
.... reference 1..1 string Ссылка на ресурс в виде относительного URL
.... type 0..0 Тип ресурса
.... identifier 0..0 Идентификатор ресурса, если не известна ссылка на него
... receivedTime 0..0 The time when specimen is received by the testing laboratory
... parent 0..0 Specimen from which this specimen originated
... request 0..0 Why the specimen was collected
... combined 0..0 grouped | pooled
... role 0..0 The role the specimen serves
... feature 0..0 The physical feature of a specimen
... collection C 1..1 BackboneElement Детали взятия биологического материала
Constraints: BioMatSpecimenCollectionRule
.... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
.... Разрезы для extension 0..1 Extension Extension
Разрез: Не упорядочено, Закрыто от
..... extension:pathologyProcess S 0..1 string Характер патологического процесса (эрозия, язва, полип, узел, отношение к окружающим тканям и прочие особенности)
URL: https://fhir.by/StructureDefinition/PathologyProcess
.... modifierExtension 0..0 Extension
.... collector 0..1 Reference(Роль медицинского работника) Медицинский специалист, выполнивший забор биологического материала. Элемент обязательный, если отсутствует ссылка на процедуру взятия биологического материала в collection.procedure
..... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
..... extension 0..0 Extension
..... reference 1..1 string Ссылка на ресурс в виде относительного URL
..... type 0..0 Тип ресурса
..... identifier 0..0 Идентификатор ресурса, если не известна ссылка на него
.... collected[x] 0..1 dateTime Время взятия биологического материала. Элемент обязательный, если отсутствует ссылка на процедуру взятия биологического материала в collection.procedure
.... duration 0..0 How long it took to collect specimen
.... quantity 0..1 SimpleQuantity(5.0.0) Количество или объем направленного биоматериала
..... extension 0..0 Extension
..... value 1..1 decimal Количество биоматериала
..... unit 1..1 string Единицы измерения количества забранного биоматериала
..... system 0..0 Система, определяющая форму кодированной единицы измерения
..... code 0..0 Кодированная форма единицы измерения
.... method 0..1 CodeableConcept Способ взятия биологического материала. Элемент обязательный, если отсутствует ссылка на процедуру взятия биологического материала в collection.procedure
Привязка: Способ забора биологического материала (required)
..... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
..... extension 0..1 Extension Extension
..... coding 1..1 Coding Код, определенный в справочнике НСИ Терминология
...... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
...... extension 0..0 Extension
...... system 1..1 uri Ссылка на справочник
...... code 1..1 code Способ взятия биологического материала, кодом
...... userSelected 0..0 Если эта кодировка была выбрана непосредственно пользователем
..... text 0..1 string Если выбрано иное, то описать способ взятия биологического материала, текстом
.... device 0..0 Device used to perform collection
.... procedure 0..1 Reference(Процедура взятия биологического материала | Оперативное или диагностическое вмешательство) Ссылка на процедуру взятия биологического материала
..... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
..... extension 0..0 Extension
..... reference 1..1 string Ссылка на ресурс в виде относительного URL
..... type 0..0 Тип ресурса
..... identifier 0..0 Идентификатор ресурса, если не известна ссылка на него
.... bodySite 1..1 CodeableReference(BodyStructure) Анатомическая область, от куда взят биологический материал
Привязка: Анатомический классификатор (required)
..... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
..... extension 0..0 Extension
..... concept
...... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
...... extension 0..0 Extension
...... coding 1..1 Coding Код, определенный в справочнике НСИ Терминология
....... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
....... extension 0..0 Extension
....... system 1..1 uri Ссылка на справочник
....... code 1..1 code Анатомическая область, от куда взят биологический материал, кодом
....... userSelected 0..0 Если эта кодировка была выбрана непосредственно пользователем
...... text 0..1 string Анатомическая область, от куда взят биологический материал, текстом
..... reference 0..0 Ссылка на ресурс
.... fastingStatus[x] 0..0 Whether or how long patient abstained from food and/or drink
... processing 0..* BackboneElement Детали обработки биологического материала
.... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
.... extension 0..0 Extension
.... modifierExtension 0..0 Extension
.... description 0..1 string Текстовое описание процедуры обработки биологического материала
.... method 0..1 CodeableConcept Методы окраски микропрепаратов
Привязка: Методы окраски микропрепаратов (required)
..... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
..... extension 0..0 Extension
..... coding 0..1 Coding Код, определенный в справочнике НСИ Терминология
...... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
...... extension 0..0 Extension
...... system 1..1 uri Ссылка на справочник
...... code 1..1 code Код из справочника
...... userSelected 0..0 Если эта кодировка была выбрана непосредственно пользователем
..... text 0..1 string Описание метода окраски образца текстом
.... additive 0..0 Material used in the processing step
.... time[x] 0..1 Period Период обработки биологического материала
... container 0..0 Direct container of specimen (tube/slide, etc.)
... condition 0..* CodeableConcept Состояние образца биологического материала
Привязка: Состояние образца органа или ткани (required)
.... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
.... extension 0..0 Extension
.... coding 0..1 Coding Код, определенный в справочнике НСИ Терминология
..... id 0..0 Уникальный идентификатор для межэлементных ссылок
..... extension 0..0 Extension
..... system 1..1 uri Ссылка на справочник
..... code 1..1 code код из справочника
..... userSelected 0..0 Если эта кодировка была выбрана непосредственно пользователем
.... text 0..1 string Состояние образца биологического материала, текстом
... note 0..1 Annotation Дополнительные данные. Для новообразований: характер роста, размеры, консистенция, отношение к окружающим тканям, метастазы

doco Документация для этого формата

Терминологические привязки (дифференциал)

Путь Статус Использование ValueSet Версия Источник
Specimen.type Base required Вид биологического материала 📦0.2.6803 этот IG
Specimen.collection.​method Base required Способ забора биологического материала 📦0.2.6803 этот IG
Specimen.collection.​bodySite Base required Анатомический классификатор 📦0.2.6803 этот IG
Specimen.processing.​method Base required Методы окраски микропрепаратов 📦0.2.6803 этот IG
Specimen.condition Base required Состояние образца органа или ткани 📦0.2.6803 этот IG

Ограничения

Id Градация Путь(и) Описание Выражение
BioMatSpecimenCollectionRule error Specimen.collection Если отсутствует collection.procedure, то элемент collector, collected, method - обязательны procedure.exists().not() implies (collector.exists() and collected.exists() and method.exists())

 


Примечания:

Поддерживаемые параметры поиска профиля BioMatSpecimen

Параметр поиска Тип Описание Выражение Пример
_id token По логическому идентификатору Specimen.id GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?_profile=https://fhir.by/StructureDefinition/BioMatSpecimen&_id=00001
_profile reference По профилю Specimen.meta.profile GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?_profile=https://fhir.by/StructureDefinition/BioMatSpecimen
_lastUpdated date По дате последнего изменения (создания) Specimen?.meta.lastUpdated GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?_profile=https://fhir.by/StructureDefinition/BioMatSpecimen&_lastUpdated=2025-05-05T10:30:00Z
assigner reference Организация (МИС), присвоившая идентификатор Specimen.identifier.assigner.as(Reference) GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?_profile=https://fhir.by/StructureDefinition/BioMatSpecimen&assigner=Organization00021
body-site token Анатомическая область, откуда взят биологический материал Specimen.collection.bodySite.concept GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?_profile=https://fhir.by/StructureDefinition/BioMatSpecimen&body-site=Cheek-L
collected date Время взятия биологического материала Specimen.collection.collected.ofType(dateTime) GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?_profile=https://fhir.by/StructureDefinition/BioMatSpecimen&collected=2024-08-01T10:30:00Z
collector reference Медицинский специалист, выполнивший забор биологического материала Specimen.collection.collector(PractitionerRole) GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?_profile=https://fhir.by/StructureDefinition/BioMatSpecimen&collector=PractitionerRole002
identifier token Внутренний идентификатор образца биоматериала, присвоенный в МИС Specimen.identifier GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?_profile=https://fhir.by/StructureDefinition/BioMatSpecimen&identifier=1223456789
patient reference Пациент, от которого получен образец Specimen.subject.where(resolve() is Patient)(Patient) GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?_profile=https://fhir.by/StructureDefinition/BioMatSpecimen&patient=Patient001
procedure reference Процедура взятия биологического материала Specimen.collection.procedure(ProcedureBioMatCollection) GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?_profile=https://fhir.by/StructureDefinition/BioMatSpecimen&procedure=ProcedureBioMatCollection00001
subject reference Предмет исследования - пациент Specimen.subject(Patient) GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?_profile=https://fhir.by/StructureDefinition/BioMatSpecimen&subject=Patient001
type token Вид биологического материала Specimen.type GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?_profile=https://fhir.by/StructureDefinition/BioMatSpecimen&type=12.5.6

Синтаксис метода получения ресурса

Метод получения осуществляет доступ к текущему содержимому ресурса. Взаимодействие осуществляется с помощью HTTP GET команды:

GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen/[id]

Метод возвращает один экземпляр ресурса.

Возможные значения логического идентификатора («id») описаны в типе Id

При попытке доступа к несуществующему ресурсу будет возвращен HTTP статус код - 404 Not Found

Синтаксис поиска ресурса

Во всех поисковых взаимодействиях в этом руководстве используется HTTP GET команда со следующим синтаксисом:

GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/[Resource-type]?[parameter1]{:m1|m2|...}={c1|c2|...}[value1{,value2,...}]{&[parameter2]{:m1|m2|...}={c1|c2|...}[value1{,value2,...}]&...}

  • GET — это HTTP метод, используемый для получения ресурса.

  • Переменные указанные в «[]», обязательны для предоставления клиентом и будут заменены указанным строковым литералом.

  • Переменные указанные в «{}», не являются обязательными для предоставления клиентом и будут заменены указанным строковым литералом.

  • FHIR_BASE: URL-адрес сервера

  • Resource-type: имя типа ресурса (например, “Specimen”).

  • parameter: параметры поиска, определенные для конкретного взаимодействия (например, «?status=active»).

  • value: значение параметра поиска

  • {:m1 m2 …}: модификатор параметра поиска

  • {c1 c2 …}: компаратор параметра поиска

  • {,value2,…}: логическое ИЛИ

  • {&parameter2={:m1 m2 …}={c1 c2 …}[value1{,value2,…}]&…}: логическое И

Простой пример запроса поиска в RESTful с использованием HTTP GET команды:

GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?type=value&...

Поддерживаемые параметры поиска ресурса

Параметр поиска Тип Описание Выражение Пример
_id token По логическому идентификатору Specimen.id GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?_id=00001
_profile reference По профилю Слота Specimen.meta.profile GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?_profile=https://fhir.by/StructureDefinition/SpecimenBy
accession token Регистрационный номер, связанный с образцом Specimen.accessionIdentifier GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?accession=123456
bodysite reference Ссылка на ресурс (по экземпляру) Specimen.collection.bodySite.reference GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?bodysite=arm
collected date Дата, когда был собран образец Specimen.collection.collected.ofType(dateTime) | Specimen.collection.collected.ofType(Period) GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?collected=2024-08-01
collector reference Кто собрал этот образец Specimen.collection.collector(Practitioner, Patient, PractitionerRole, RelatedPerson) GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?collector=Practitioner/0009
container-device reference Уникальный идентификатор, связанный с контейнером для образцов Specimen.container.device.where(resolve() is Device)(Device) GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?container-device=Device/00001
identifier token Уникальный идентификатор, связанный c образцом Specimen.identifier GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?identifier=1223456789
parent reference Родитель(первоначальный образец) экземпляра Specimen.parent(Specimen) GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?parent=Specimen/00001
patient reference Пациент, от которого получен образец Specimen.subject.where(resolve() is Patient)(Patient) GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?patient=Patient001
procedure reference Процедура, с помощью которой был взят образец Specimen.collection.procedure(Procedure) GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?procedure=Procedure/00001
status token available | unavailable | unsatisfactory | entered-in-error Specimen.status GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?status=available
subject reference Предмет исследования - пациент или образец Specimen.subject(Group, BiologicallyDerivedProduct, Device, Patient, Substance, Location) GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?subject=Patient001
type token Тип образца Specimen.type GET [FHIR_BASE]/Patient/[patientId]/Specimen?type=biopsy

Необходимо добавить описание Прав доступа!!!!!!

Для добавления описания нужно добавить файл input/rules/StructureDefinition-BioMatSpecimen-rules.md